Investigaciones arqueológicas recientes sitúan los orígenes de Cañizal en un asentamiento altomedieval conocido como La Huesa. Las cerámicas tardorromanas y altomedievales halladas en el lugar sitúan el origen del asentamiento entre el siglo V y el siglo VII prolongándose hasta el año 1000 y sobreviviendo, por tanto, a la crisis derivada de la invasión musulmana en el 711.
El actual asentamiento situado más al sur tuvo su origen en el señorío que aglutinó la Orden de San Juan de Jerusalén en el sudeste de la actual provincia de Zamora gracias a las donaciones de Urraca de Zamora hija y heredera del rey Alfonso VI de León y Castilla realizadas el 3 de julio de 1116; y a las que su hijo Alfonso VII hizo a lo largo del siglo XII.
La orden de San Juan, organizó desde entonces el espacio territorial que se le concedía, mediante el sistema de encomiendas -rentas o propiedades que se ceden o encomiendan- poniendo al frente de las mismas a un freire de la orden que con el nombre de comendador se haría cargo de su gobierno.
Cañizal formó un único núcleo junto con la villa de Villaescusa a partir del siglo XV -antes fueron dos aldeas incorporadas a La Bóveda de Toro-, de ahí que todos los documentos, a partir de entonces, se refieran a la encomienda de Villaescusa y Cañizal.
Cañizal que como su toponimia indica era un lugar abundante en cañizos tuvo como punta de lanza de su riqueza económica los abundantes pastos de su dehesa lo que llevó a más de un pleito por su posesión y disfrute a lo largo de su historia.
Respecto al trascendental acontecimiento del siglo XVI conocido como Guerra de las Comunidades, Cañizal se mantuvo al lado del emperador Carlos I como muestran diversos documentos históricos.
Aunque Cañizal fue en sus inicios una villa modesta, de renta corta, su excelente situación en lo que a rutas comerciales se refiere -por ella pasaba la ruta Zamora-Ávila y en sus cercanías otras vías importantes-, la conservación de algunas parcelas bajo el dominio del Concejo tras las enajenaciones de las tierras comunales en la decimosexta centuria y su baja cota impositiva dotaron a la villa de unas peculiaridades que contribuyeron sin duda a su engrandecimiento teniendo un crecimiento constante de población a lo largo del siglo XVI y, siendo, sorprendentemente, el único municipio de Valdeguareña que no sufrió la crisis poblacional del siglo XVII.
No extraña que Antonio Gómez de la Torre en su “Coreografía de la provincia de Toro” y ya en los inicios del ochocientos nos hable de la “villa rica y populosa en tiempos pasados...que sobresalía o era casi única muchas leguas alrededor en la cosecha de vinos”.
Durante la Guerra de la Independencia Española Cañizal tiene un importante papel en julio de 1812 en los días previos a la Batalla de los Arapiles. El ejército aliado de Wellington y el ejército francés de Marmont se enfrentaron en su término en lo que los portugueses -aliados de Wellington- llaman “Los Combates de Cañizal”. Y en sus cercanías se inicia “La Marcha Paralela” de ambos ejércitos hacia Salamanca.
